Etude bio-informatique de l’expression des gènes différentiellement exprimés chez les patients atteints du cancer colorectal

Abstract

Le cancer colorectal (CCR) est la troisième cause de décès par cancer dans le monde et un problème de santé majeur. Le développement de nouvelles thérapies ciblées susceptibles d'améliorer la survie des patients suscite un intérêt croissant. Cette étude visait à identifier de nouveaux biomarqueurs impliqués dans la progression du CCR et susceptibles d'être utilisés comme thérapies ciblées. Des gènes différentiellement exprimés (DEG) ont été sélectionnés parmi trois profils d'expression génique, GSE52060, GSE83889 et GSE106582, à l'aide de l'outil GEO2R et du logiciel de diagramme de Venn. L'ontologie génétique et les voies KEGG ont ensuite été réalisées à l'aide du logiciel DAVID. Le réseau PPI a ensuite été construit à l'aide de STRING et visualisé à l'aide du logiciel Cytoscape, et les gènes clés ont été extraits à l'aide du plug-in cytoHubba. L'analyse de survie a été réalisée à l'aide du traceur de Kaplan-Meier, tandis que l'expression des gènes clés dans le CCR a été vérifiée à l'aide de l'outil GEPIA2. Enfin, les facteurs de transcription des gènes pivots ont été déterminés à l'aide de la base de données NetworkAnalyst. Au total, 440 DEG ont été identifiés dans les trois ensembles de données, dont 277 gènes surexprimés, enrichis dans le cycle cellulaire, et 163 gènes sous- exprimés, principalement enrichis dans l'organisation de la matrice extracellulaire et la voie de signalisation du cycle cellulaire. Dix gènes ont été identifiés : PTTG1, BUB1, AURKA, CDCA5, MELK, CDC20, TPX2, CDK1, UBE2C et NEK2. La surexpression de cinq gènes clés, dont AURKA, PTTG1, CDC20, CDCA5 et UBE2C, était associée à une faible survie dans le cancer colorectal (CCR) et était régulée par plusieurs facteurs de transcription impliqués dans la division cellulaire et la régulation positive de l'activité de l'ubiquitine protéine ligase. Cette étude a identifié de nouveaux biomarqueurs moléculaires fiables pouvant servir de cibles thérapeutiques potentielles pour le traitement du CCR