Évaluation et taxonomie numérique des bactéries promotrices des plantes isolées de rhizosphère du Capsicum annuum

Abstract

Le présent travail portant sur l’étude de quelques souches bactériennes isolées à partir de la rhizosphère de Capsicum annuum dans la région de Guelma. L’objectif de ce travail était l’étude morphologique, la détermination des caractéristiques métaboliques des souches et une évaluation de la similitude phénotypique entre les souches par taxonomie numérique. Tous les tests réalisés sont étudiés sur milieux solides additionné aux substrats d’intérêt. Pour quelques souches une galerie Api20NE est utilisée afin de se rapprocher phénotypiquement du genre ou de l’espèce bactérienne. La taxonomie numérique est établie par le logiciel Past 3, dont la matrice de similarité est établie par le coefficient de Jaccard et les dendrogrammes sont obtenus par deux algorithmes (UPGMA et NJ). L’ensemble des tests morphologiques, physiologiques et biochimiques effectués, montrent que nos souches appartiennent aux plusieurs genres différents ainsi qu’ils peuvent utiliser divers sources de carbone, d’azote et présentent une capacité à dégrader des composés complexes comme la cellulose et l’adénine et la gélatine. Certaines souches PGPR peuvent croitre en présence d’inhibiteurs chimiques tels que le phénol et le crystal violet, et aussi en présence de différentes concentrations en pesticides (tilt et topic). Les souches étudiées ne tolèrent pas des concentrations élevées du NaCl mais elles ont une bonne croissance sur des milieux basique. L’utilisation de la galerie Api20NE pour quelques souches à permet d’attribuer phénotypiquement les souches aux genres Pseudomonas sp, Aeromonas sp, Agrobacterieum sp et Chryseobacterium sp. L’établissement d’une taxonomie numérique sur l’ensemble des souches étudiées à permet les classés en groupes distincts. Dans ces groupes aucune similitude à 100% n’était observée. Selon le degré de similitude choisi, les bactéries à Gram négatif et à Gram positif sont regroupées en trois groupes différents. Les souches étudiées montrent des caractéristiques très importantes et qui encourage à leur application in vivo et qui ouvrent plusieurs perspectives telle que, l’étude de la capacité des souches à dégrader les pesticides et à développer la croissance des plantes dans des régions contaminées.