Étude bio-informatique de l’expression des gènes chez les patients atteints du cancer de la prostate

Abstract

Le but de notre étude était d'identifier les gènes clés communs associés au cancer de la prostate et à son diagnostic. Les données des trois profils ont été téléchargées à partir de la base de données GEO et analysées à l'aide de plusieurs outils bio-informatiques. Les gènes à expression différentiels communs (DEGs) ont été déterminés à l'aide de la base de données Venn diagram. Des analyses Gene Ontology (GO) et Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) ont été effectuées via le site DAVID, et des réseaux d'interaction protéine-protéine (PPI) ont été construits via le site STRING et visualisés avec le logiciel Cytoscape. Enfin, nous avons vérifié la survie globale et l'expression des gènes clés à l'aide de la base de données GEPIA2. On a obtenu 178 DEGs, dont 65 gènes surexprimés et 113 sous-exprimés. Les analyses GO et KEGG ont montré que ces DEGs ont été enrichi dans plusieurs processus biologiques (Biological process : BP), cellulaires (Cellular component : CC) et moléculaires (Molecular function : MF) associés au cancer de la prostate. De plus, 8 gènes clés ont été sélectionnés, dont 2 étaient associés à une diminution de la survie globale des patients et étaient significativement exprimés dans les tissus cancéreux par rapport aux tissus normaux. En résumé, les deux gènes (NRAS : NRAS proto-oncogene, SERPINB5 : serpin family B member 5) peuvent être excellents biomarqueurs pour le diagnostic du cancer prostatique et la thérapie génique ciblée.