Etude de la réaction de désamination par les méthodes de modélisation moléculaire

Abstract

La désamination spontanée correspond à l’hydrolyse de la cytosine en uracile, processus au cours duquel de l’ammoniac est libérée. Dans cette étude, la méthode de DFT/B3LYP à base 6-31 G* a été appliquées pour étudier le processus désamination de la cytosine par deux molécules d’eau, quatre réactions ont été étudier : L'addition nucléophile d’une des molécules d’eau en C4 de la cytosine conduit à l’intermédiaire réactionnel IR1. IR1 est ensuite protoné au niveau du groupement exocyclique–NH2, ce qui conduit à l’intermédiaire réactionnel cationique IR2. Une rupture de la liaison entre le carbone C4 et le groupement exocyclique -NH3+ conduit au complexe IR3 entre une molécule d’uracile protonée, une molécule d’eau et une molécule d’ammoniaque. Ce dernier est en équilibre acido-basique avec le complexe P entre une molécule d’uracile, une molécule d’eau et un cation ammonium. L’étude de la réactivité chimique de la réaction de désamination de l’ADN a été effectuée par la localisation des états de transition par QST2 et QST3 suivie par un calcul IRC pour la vérification de chemin réactionnel de différentes étapes de désamination, les propriétés thermodynamiques ont été montré que la réaction est spontanée et favorable.