Analyse de l’expression différentielle des gènes dans le cancer colorectal : Etude bioinformatique

Abstract

Le but de notre étude était d'identifier les gènes clés communs liés au cancer colorectal et à son diagnostic. Des données de trois profils ont été téléchargées à partir de la base de données GEO, puis analysées en utilisant plusieurs outils bioinformatiques. Les gènes à expression différentiels communs (DEGs) ont été déterminés par la base de données Venn diagram. L'analyse Gene Ontology (GO) et l'analyse Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) ont été réalisées à l'aide du site DAVID, le réseau d'interaction protéine-protéine (PPI) a été construit à l’aide du site STRING et visualisé par le logiciel Cytoscape. En fin, la survie totale et l’expression des gènes clés ont été vérifiées à l’aide de la base de données GEPIA2. Nous avons obtenu 222 DEGs, dont 47 gènes surexprimés et 175 gènes sous-exprimés. L'analyse du GO et KEGG ont montré que les gènes étaient enrichis dans de nombreux processus biologiques, cellulaires et moléculaires associés au cancer colorectal. En outre, 10 gènes clés ont été trouvés, dont trois ont été identifié associés à la mauvaise survie totale des patients et exprimés de manière significative dans les tissus cancéreux par rapport aux tissus normaux. En conclusion, les trois gènes (ZG16-AQP8-CXCL8) peuvent être un bon bio-indicateur pour le diagnostic et la thérapie génique ciblée du cancer colorectal.